Microbiota

Gruppo Samed

Il microbiota umano è un sistema estremamente vario e complesso di microorganismi, in quanto esso comprende migliaia di specie di batteri, virus, funghi e parassiti. I soli batteri rappresentano, in termini numerici, una popolazione cellulare dieci volte maggiore di quella delle cellule del corpo umano, ed un insieme di geni che rispetto a quello del nostro genoma è maggiore di due ordini di grandezza. I virus, tra cui i batteriofagi che controllano le stesse popolazioni batteriche, costituiscono una popolazione ancora più numerosa di quella batterica.

L’accumulo di dati nell’ultimo decennio evidenzia connessioni tra microbiota e molte patologie, sia relative al distretto di pertinenza (apparato digerente, apparato urogenitale, albero respiratorio, ecc..), sia sistemiche (malattie cardiovascolari, neurologiche, diabete, obesità, cancro).

Esistono moltissimi dati che correlano fenomeni di disbiosi a quadri patologici, tra cui determinati tipi di neoplasia, o alla predisposizione e all’instaurarsi di quadri cronici e degenerativi, come infiammazione cronica dell’intestino, morbo di Crohn, obesità e diabete.
In alcuni casi è stato possibile ipotizzare o dimostrare un rapporto di causa/effetto tra particolari profili di disbiosi e una data patologia. In questi casi è anche possibile intervenire sul microbiota, correggendo la disbiosi, per prevenire, attenuare o risolvere un quadro patologico. In molti altri casi è difficile, per ora, dimostrare un rapporto di causalità, ma non dimeno determinati profili possono essere utilizzati come marcatori diagnostici, prognostici o precoci.

Informazioni logistiche e di trasporto

I campioni da sottoporre ad analisi dovranno essere trattati nel rispetto delle indicazioni di seguito elencate:

  • Sangue intero (Whole Blood): raccolta in provette con EDTA (quantità 5-10ml), conservare in frigorifero ed inviare a temperatura ambiente entro 24 ore.
  • DNA: raccolta in microprovette in quantità non inferiore a 10 µg e volumi compresi tra 20 e 30 µl, conservare in frigorifero e inviare a temperatura ambiente entro 24 ore.
  • Prelievo bioptico e/o pezzo operatorio (Formalin Fixed Paraffin Embedded): fissato in 10% formalina ed incluso in paraffina, peso minimo 30mg, invio a temperatura ambiente.
  • Prelievo bioptico e/o pezzo operatorio (Fresh Frozen Tissue): congelato fresco e non paraffinato, invio in ghiaccio secco.
  • Sezioni di tessuto (Tissue Slices): Fette bianche su vetri polarizzati relativi all’esame istologico (8 vetrini con sezioni da 5µm minimo) + 1 sezione colorata con ematossilina/eosina. Spedizione a temperatura ambiente.
  • Secreto vaginale/uretrale: utilizzo di tamponi a secco (cytobrush) senza aggiunta di terreno di trasporto o soluzione fisiologica (1 tampone per ogni test). Conservare in frigo ed inviare entro 24 ore a temperatura ambiente.

L'invio dei campioni biologici deve essere effettuato utilizzando esclusivamente contenitori a norma UN3373 (normativa europea di trasporto dei campioni biologici).
I Campioni biologici dovranno essere adeguatamente imballati con triplo involucro secondo le disposizioni disciplinate dalla Circolare n.16/1994 del Ministero della Sanità e Circolare n.3/2003 del Ministero della Salute, attualmente in vigore.
Un tipico kit di spedizione prevede i seguenti componenti:

  1. Contenitore primario: un contenitore adeguato a contenere il campione biologico (provetta adeguatamente chiusa e sigillata con parafilm, portavetrini per preparati istologici, bustina per tamponi cytobrush, etc.);
  2. Contenitore secondario: una busta certificata 95kPa per materiali biologici (in caso di invio di provetta, quest’ultima dovrà essere allocata in un contenitore porta provette da inserire nel contenitore primario);
  3. Contenitore esterno: Imballaggio di trasporto in cartone (oppure in busta pluriball) per campioni a temperatura ambiente), sul quale applicare le etichette del vettore riportanti le informazioni sulla spedizione, fornite dallo stesso IOM Ricerca come descritto alla sezione “Prenotazione del ritiro dei campioni biologici”.

I campioni spediti devono essere accompagnati da:

  • Il “Modulo di richiesta esame”, da compilare per ogni campione inviato;
  • Il “Consenso informato per l’esecuzione di indagini di laboratorio”;
  • Il “Consenso al trattamento dei dati personali”.

Questi documenti, forniti dallo IOM Ricerca, dovranno essere necessariamente inseriti all’interno dell’imballaggio esterno

N.B. Nel manipolare i campioni utilizzare SEMPRE contenitori sterili e materiale monouso. Compilare SEMPRE l'etichetta che contraddistingue il campione con nome, cognome e data di nascita del paziente, e apporla sul contenitore del campione.

Le spedizioni (nazionali ed internazionali) dei campioni biologici forniti dal Cliente saranno organizzate dallo IOM Ricerca Srl, tramite il vettore TNT.
Per prenotare il ritiro del campione inviare una mail a ufficio.commerciale@iomricerca.com indicando necessariamente le seguenti informazioni:

  1. Specifiche del Cliente ( mittente del pacco):
  • Ragione sociale o Nome e Cognome del Cliente;
  • Indirizzo esteso (Via/P.zz/V.le – N° Civico – CAP – Provincia – Località);
  • Persona di contatto: Nome e cognome, recapito telefonico e indirizzo mail.
  1. Specifiche del pacco:
  • Tipo di merce (colli, bauletti piccoli o grandi, buste);
  • Quantità, Dimensioni (Lcm x Lcm x Hcm), peso (in Kg), contenuto;
  • Data e fascia oraria continuativa di almeno 3 ore di disponibilità per il ritiro (compresa tra le 9.00 e le 18.00);
  • Ogni altra informazione utile per il corriere

Lo IOM Ricerca Srl invierà all’indirizzo mail indicato dal Cliente le etichette di accompagnamento della merce che dovranno essere applicate al pacco.

Le spese del trasporto sono a carico del Cliente e pertanto riportate in fattura.

I campioni ricevuti da IOM Ricerca saranno verificati prima dell’attivazione delle procedure analitiche. Verranno considerati non processabili i campioni con le seguenti problematiche:

  • Provette non integre (provette aperte, fessurate, rotte, bucate, con versamenti di materiale, eccetera);
  • Volume non sufficiente;
  • Campione con evidente contaminazione;
  • Provette non correttamente etichettate;
  • Confezioni aperte o manomesse;
  • Campioni trasportati a temperature diverse da quelle raccomandate (es. campioni congelati trasportati a temperatura ambiente);
  • Campioni in condizioni non compatibili con il metodo analitico richiesto (es: sangue coagulato);
  • Campioni trasportati in contenitori non adeguati o privi di sterilità.

In caso di ricezione di campioni non conformi alle specifiche di adeguatezza sarà verificata la possibilità di un nuovo invio di materiale da parte del cliente. Le spese di trasporto rimangono a carico del cliente anche nei casi in cui l’analisi non sia erogata a seguito dell’inadeguatezza dei campioni ricevuti.

Test diagnostici

Codice Test Tecnologia Descrizione Dettaglio
MB009 MICROSCAN BATTERICO FUNGINO NGS Analisi completa, mediante NGS, del microbioma batterico e fungino attraverso il sequenziamento dell'rRNA 16s e 18s
MB008 PARASITE PROFILER qRT PCR Test su feci per l'identificazione di: Giardia lamblia, Cryptosporidium, Entamoeba histolytica, Entamoeba dispar, Entamoeba moshkowskii, Dientamoeba fragilis, Blastocystis hominis, Cystoisospora belli, Cyclospora cayetanensis, Strongyloides stercoralis, Necator americanus, Ancylostoma, Enterobius vermicularis, Ascaris lumbricoides, Trichuris trchiura, Schistosoma mansoni, Schistosoma haematobium
MB007 ENDO PROFILER qRT PCR Analisi completa, mediante NGS, del microbioma batterico e fungino attraverso il sequenziamento dell'rRNA 16s e 18s
MB006 UROGEN PROFILER qRT PCR Test quantitativo su tampone urogenitale per identificazione e quantificazione di: Lactobacillus spp, L. crispatus, L. iners, L. gasseri, L. jensenii, G. vaginalis, Atopobium vaginae, Megasphera type 1-2, BVAB Mobiluncus spp, Bacteroides spp, Mycoplasma spp, Mycoplasma hominis, Mycoplasma genitalium, Ureaplasma urealyticum, Ureaplasma parvum, Eggerthella spp, Leptotrichia amnioni, E. coli, Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Trichomonas vaginalis, Candida spp, Treponema pallidum, HSV1-2
MB005 GUT PROFILER qRT PCR Test quantitativo su feci o biopsia per Bacteroides, Firmicutes, Fusarium spp, Lactobacillius spp, Bifidobatterium spp E. coli, Klebsiella spp, Streptococcus spp, Enterococcus spp, Enterobacter spp, Proteus spp, Morganella spp, Providencia spp, Clostridium spp, Shigella spp, Campylobacter spp, Salmonella spp, Yersinia enterocolytica, Candida spp
MB004 MICROSCAN ORAL NGS Analisi completa mediante NGS del microbioma orofaringeo da tamponi o prelievi bioptici
MB003 MICROSCAN ENDO NGS Analisi completa mediante NGS del microbioma endometriale da tamponi o prelievi bioptici
MB002 MICROSCAN UROGEN NGS Analisi completa mediante NGS del microbioma urogenitale da tamponi o prelievi bioptici
MB001 MICROSCAN GUT NGS Analisi completa mediante NGS del microbioma intestinale da campioni fecali o bioptici